Projet d’arrêté relatif à la définition du bon état écologique des eaux marines et aux normes méthodologiques d’évaluation

Après près de deux décennies, le Bon État Écologique (BEE) demeure partiellement inconnu. Le projet de révision actuel ne permet pas de corriger ce constat : de nombreux descripteurs restent dépourvus de méthodologies claires et AGILE, et les seuils associés à plusieurs indicateurs ne sont toujours pas définis.
Alors que nombre d’indicateurs étaient encore classés comme « inconnus » lors de la concertation sur la révision des stratégies de façade maritime, nous attendions une version plus aboutie préfigurant un outil de suivi opérationnel. Le projet d’arrêté apparaît décevant à plusieurs égards.
D’une part, aucune synthèse n’est proposée sur les difficultés de renseignement des métriques, ni sur les retours d’expérience liés aux données disponibles, qui permettraient pourtant de mieux appréhender la situation actuelle d’un pays ne disposant toujours pas d’un état écologique de référence complet, au moment même où il s’engage dans un Plan National de Restauration de la Nature.
Dans l’attente de précisions sur les modalités de mise en œuvre de l’arrêté susvisé, le WWF formule à ce stade plusieurs demandes de modification.

1. Alignement avec le règlement européen sur la restauration de la nature

Le WWF déplore la faible cohérence entre l’application actuelle de la DCSMM et la mise en œuvre du règlement européen sur la restauration de la nature. Il est nécessaire de renforcer l’articulation entre ces deux cadres afin d’assurer une approche cohérente de la restauration écologique en mer. Nous recommandons de spécifier l’indicateur D6C4 par des seuils quantitatifs applicables aux habitats marins identifiés dans les groupes 1 à 6 du règlement européen. La commission européenne rappelle que le critère du D6C4 suppose que l’étendue de la perte du type d’habitat résultant de pressions anthropiques ne doit pas dépasser une proportion donnée de l’étendue naturelle du type d’habitat dans la zone d’évaluation. 
Conformément au principe de non-dégradation, des critères doivent être établies et les seuils associés devraient être fixés comme suit : 0 % de dégradation supplémentaire par rapport à la référence de 2024 pour les habitats non dégradés, tels que définis dans le Plan national de restauration de la nature.
Le critère D6C3 doit également prendre en compte les habitats du groupe 7 du règlement européen sur la restauration de la nature et ce pour préparer le cycle suivant et la révision du plan national de Restauration de la Nature. À ce titre, les travaux de Marie La Rivière de l’UMS Patrinat constituent une référence utile pour la définition de la sensibilité des habitats du groupe 7 et leur traduction en surfaces d’habitats perdues.
S’agissant des herbiers de Posidonie en Méditerranée, le WWF s’est fixé un objectif de protection intégrale (100 %). L’évaluation devrait s’appuyer sur une proportion fixée à 0% d’herbier perdu par la suite de pressions anthropiques, renseignée les DDTM et l’OFB, en complément des indicateurs déjà prévus par la Directive-cadre sur l’eau (DCE).

2. Critère D6C1 – Perte physique des habitats benthiques

La perte physique est définie lorsque le taux de régénération naturelle est estimé supérieur à douze ans équivalent à deux cycle (Physical loss shall be understood as a permanent change to the seabed which has lasted or is expected to last for a period of two reporting cycles (12 years) or more, COMMISSION DECISION (EU) 2017/848). Une perturbation physique prolongée comme le ragage dû au chalut de fond sur une durée de 12 ans correspond donc à une perte physique. Les données OSPAR complétée par les travaux équivalent en Méditerranée en donne une estimation (Extent of Physical Disturbance to Benthic Habitats : Fisheries with mobile bottom-contacting gears). A ce titre, le WWF recommande que l’indicateur D6C1 tienne compte des travaux de Sandrine Vaz (https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S1470160X20305549).
Un complément au guide méthodologique pourrait être formulé comme suit en s’accompagnant de travaux dans les mois qui viennent pour amender le critère et le seuil associé :
« Les normes méthodologiques associées à l’évaluation du D6C1 pourront être complétées. »

3. Critère D6C5 – État des habitats benthiques,

Le seuil de 25 % de linéaire côtier rocheux en mauvais état, appliqué aux roches et récifs biogènes intertidaux, n’est pas adapté dans le contexte d’érosion côtière actuel. Il conviendrait de distinguer deux sous-indicateurs :
le pourcentage d’habitat total,
le pourcentage d’habitat soumis à des pressions anthropiques directes.
Pour le coralligène, le seuil de 25 % est également trop élevé et devrait être revu à la baisse.

4. Critère D11C2 – Bruit continu anthropique à basse fréquence

Le critère D11C2, relatif au bruit sous-marin continu d’origine anthropique, nécessite la définition de seuils quantitatifs.
Ces seuils doivent permettre une évaluation homogène des pressions exercées sur les espèces sensibles, notamment les mammifères marins et certaines espèces de poissons côtiers.

L’ADEBA (Association de Défense des Eaux du Bassin d’Arcachon, créée en 1964 par les ostréiculteurs pour lutter contre la pollution) a pour but de mettre en œuvre tous les moyens légaux pour lutter contre l’altération des eaux du Bassin d’Arcachon et de veiller aux conséquences directes et indirectes du développement de toute activité anthropique dans le périmètre du bassin versant du Bassin d’Arcachon et sur le Bassin d’Arcachon lui-même (www.adeba.fr). A ce titre, l’ADEBA est particulièrement attentive au suivi de la qualité des eaux, qu’il s’agisse des résultats de ce suivi ou des méthodes de suivi et de qualification de l’état des eaux, et a donc examiné avec attention le projet présenté. L’ADEBA s’associe pleinement aux remarques présentées par France Nature Environnement dans sa contribution, en particulier sur la nécessité d’inclure le guide méthodologique dans l’arrêté et sur l’insuffisance de la prise en compte des connaissances et travaux déjà conduits. Plus spécifiquement, sur le cas des contaminants, sur leur présence et sur leurs effets néfastes sur les caractéristiques liées à la santé des espèces et à l’état des habitats, l’ADEBA déplore que les critères proposés ne reflètent pas du tout, tout au moins dans le cas du Bassin d’Arcachon, le véritable état écologique des eaux : alors que de nombreuses études (IFREMER, EPOC, …) ont montré que les populations des espèces vivant dans le Bassin souffrent, depuis longtemps déjà mais de plus en plus gravement, des effets néfastes du cuivre (antifoulings), des pesticides (métolachlore), des HAP, les contaminants les plus problématiques décrits dans ces études ne figurent pas dans la liste proposée pour les paramètres à suivre, et le critère d’imposex sur gastéropode (exposition au TBT) n’est nullement représentatif de l’effet des contaminants sur nos espèces et habitats. Dans ces conditions, définir l’état écologique des eaux avec les critères proposés donnera une image faussée et déconnectée de la réalité. Les critères proposés doivent être sérieusement revus si l’on veut espérer donner foi à l’indicateur qui en résultera.

Pas à la hauteur du sujet. L’arrêté devrait intégrer le « guide méthodologique », partie intégrante de la définition du BEE.

Parties prenantes au sens de de la directive 208/56, dite Directive Cadre « Stratégie pour le milieu marin » (DCSMM), acteurs de la surveillance et maîtres d’œuvre de certaines mesures des programmes de mesure, les associations du réseau France Nature Environnement constatent qu’elles n’ont pas été associées à la révision de la définition du Bon Etat Ecologique (BEE), dont l’atteinte constitue pourtant un objectif essentiel de la stratégie nationale pour la mer et le littoral et pour les documents stratégiques de façade.
Les informations mises à disposition lors de la consultation sur ce projet de révision de la définition du bon état écologique sont très insuffisantes ; le processus de révision est inconnu, et la consultation ne cite ou ne fournit aucune référence de travaux scientifiques ou de comptes-rendus de groupes de travail qui pourraient justifier les modifications introduites dans cette révision.

Le guide méthodologique est partie intégrante de la définition du BEE, qui ne se limite pas aux seuils ; il a force normative et devrait être intégré à l’arrêté.
L’analyse des évolutions proposées soulève des interrogations sérieuses : interprétation discutable des décisions européennes, études et recommandations européennes ou nationales non prises en compte, absence de définition des éléments et indicateurs du BEE ou absence de méthodologie pour de nombreux critères, référence à des connaissances insuffisantes alors qu’il existe des travaux reconnus, etc.

Au bilan, France Nature Environnement et son mouvement estiment que la nouvelle définition proposée par ce projet n’est pas satisfaisante, et ne pourra pas permettre d’évaluer l’état de l’environnement vis-à-vis du bon état écologique, de définir des objectifs environnementaux et des programmes de surveillance pertinents, et enfin de définir des programmes de mesures associés à des indicateurs et des métriques permettant d’en mesurer les effets et d’évaluer les progrès vers l’atteinte du bon état écologique.

Des modalités d’élaboration et de consultation non satisfaisantes

Le bon état écologique est un élément essentiel de la DCSMM, qui constitue elle-même la législation structurante en ce qui concerne la protection du milieu marin.
Nous estimons que les éléments fournis à l’appui de cette consultation du public ne sont pas à la hauteur de cette importance.
Ainsi, la consultation aurait dû rappeler le contexte, les éléments qui justifient la révision de la détermination du BEE (et notamment les évaluations par la Commission européenne), le processus de révision et notamment les consultations des organismes scientifiques et des parties prenantes (conformément à l’article 19 de la directive), ainsi que les références des publications notamment scientifiques ou des avis utilisés pour élaborer cette révision.
France Nature Environnement regrette qu’à sa connaissance les associations de protection de l’environnement n’aient pas été associées à l’élaboration de ce projet.
S’agissant d’une révision, nous estimons que les documents soumis auraient dû comprendre une présentation (par exemple sous la forme d’un tableau pour chaque descripteur) de la comparaison entre la version en vigueur et le projet.
Elle aurait aussi dû inclure les éventuelles justifications des choix importants, qui devront aux termes de la décision 2017/848 être fournies à la Commission européenne, notamment lorsque l’administration a fait le choix de ne pas suivre les recommandations de cette décision
Enfin, compte tenu de l’importance du BEE, dont l’atteinte est un des objectifs majeurs des Documents Stratégiques de Façade, nous nous étonnons que ni le Conseil national de la mer et des littoraux, ni les Conseils Maritimes de Façade n’aient été consultés sur ce projet.
Art. L219-1-A :
« Le conseil [national de la mer et des littoraux] peut être consulté dans le cadre de la rédaction des textes législatifs ou réglementaires relatifs à la mer et aux littoraux. »
Art. L219-6-1 :
« Le conseil maritime de façade émet des recommandations sur tous les sujets relevant de sa compétence »

L’arrêté devrait intégrer le « guide méthodologique », partie intégrante de la définition du BEE

Selon la directive 2008/56/CE et la décision 2017/848 qui la précise, le bon état écologique est défini à partir de 11 descripteurs, et pour chacun de ces descripteurs par un certain nombre de critères qui caractérisent le BEE. Le BEE devrait être défini et évalué pour chacun de ces critères, sur la base d’un certain nombre d’éléments qui peuvent être relatifs aux composantes biologiques d’un écosystème ou aux pressions anthropiques.
Par ailleurs, lorsque c’est pertinent et possible pour le critère concerné, des seuils devraient être définis pour les indicateurs retenus pour caractériser les éléments descriptifs de ce critère.
La définition du BEE comprend donc non seulement lesdits seuils, lorsqu’ils sont définis, mais aussi la liste des éléments retenus pour définir et évaluer les critères du bon état, les indicateurs associés, et la méthodologie permettant de les évaluer.
Le « guide méthodologique » est donc partie intégrante de la définition du BEE, et il devrait être intégré dans l’arrêté, comme c’était le cas pour l’arrêté de 2019. La « simplification » invoquée dans la présentation de la consultation ne doit pas aboutir à priver de leur valeur normative les éléments autres que les seuils.

Des ambitions trop limitées, une prise en compte insuffisante des connaissances et des travaux conduits au niveau national et européen

La lecture du projet d’arrêté et celle du guide méthodologique interrogent.
La décision 2017/848 de la Commission européenne donne un certain nombre de précisions relative à la définition du BEE, mais il semble en avoir été fait une interprétation particulièrement restrictive. Par exemple, pour le descripteur 6 (intégrité des fonds marins) ou le descripteur 8 (contaminants), le projet d’arrêté indique : « La détermination de l’atteinte du bon état écologique au titre du descripteur 8 n’est pas requise par la décision 2017/848/UE ». Nous ne trouvons pas de trace de cette disposition dans la décision, et cette interprétation exclut de fait les descripteurs correspondants de l’évaluation de l’état de l’environnement vis-à-vis du bon état recherché.
Pour les critères qualifiés de « primaires » par la décision 2017/848, il est attendu que des seuils soient définis. 17 ans après l’adoption de la DCSMM, il est désolant de voir le nombre de ces critères pour lesquels « La méthodologie d’évaluation n’est pas définie », ou aucune définition opérationnelle n’est proposée pour évaluer des indicateurs pertinents.
Cette affirmation semble par ailleurs parfaitement discutable, dans la mesure où l’on dispose pour certains de ces critères de recommandations issues de travaux conduits au niveau européenne ou au niveau national, qui semblent avoir été ignorés. C’est le cas par exemple pour le descripteur 6 (pour lequel des travaux du CIEM ont proposé des seuils), ou pour le descripteur 5 (eutrophisation) pour lequel il existe des travaux nationaux qui ne semblent pas avoir été mobilisés
Même lorsque ces travaux sont pris en compte, leurs recommandations sont parfois ignorées, ou les seuils retenus moins exigeants que les seuils recommandés (voir par exemple le descripteur 9 (contamination microbiologique pathogène).
Les insuffisances sont encore plus notables pour les critères « secondaires », pour lesquels la décision 2017/848 ne prescrit pas qu’un seuil soit défini, au-delà duquel le BEE serait atteint. Cette qualification de « secondaire » semble être la seule motivation de la décision de ne pas définir ces critères par des indicateurs mesurables, même lorsque de tels indicateurs pourraient facilement être définis. Ceci a pour résultat de rendre impossible la prise en compte du descripteur concerné dans l’évaluation de l’état de l’environnement et de ses évolutions, ou dans les évaluations environnementales, puisque faute de paramètres et d’indicateurs définis, il n’existe pas de métrique pour évaluer les impacts et les mesures Eviter-Réduire-Compenser, ou pour évaluer une tendance de l’évolution des pressions.
Pourtant, la décision 2017/848 précise : "Les critères secondaires et les normes méthodologiques, spécifications et méthodes normalisées qui leur sont associées établies en annexe sont utilisés pour compléter un critère primaire ou lorsque l’environnement marin risque de ne pas atteindre ou de ne pas conserver un bon état écologique au regard de ce critère particulier". Certes, elle indique aussi que "L’utilisation d’un critère secondaire est décidée par chaque État membre, sauf disposition contraire énoncée en annexe" ; mais ceci ne dispense pas de justifier une éventuelle décision de ne pas utiliser ce critère secondaire, surtout lorsque ceci conduit à faire disparaître complètement le descripteur correspondant alors même que l’évaluation conduite selon les dispositions de l’article 8 aurait montré que certaines pressions étaient susceptibles de porter atteinte au BEE pour ces descripteurs dans les zones maritimes françaises.
Finalement, le guide méthodologique ne définit de manière satisfaisante que pour trop peu de critères les éléments à prendre en compte dans la définition du BEE, les indicateurs à évaluer et la méthodologie à utiliser pour les évaluer.
Au bilan, on ne voit pas comment sur la base d’une définition aussi partielle et limitée du BEE, il sera possible :
-  D’évaluer l’état des eaux marines vis-à-vis de chacun des descripteurs du BEE (art. 8 de la DCSMM)
-  De définir des objectifs environnementaux et des indicateurs associés [] « afin d’orienter les efforts en vue de parvenir à un bon état écologique du milieu marin » (art. 10)
-  De surveiller l’état écologique des eaux marines françaises (art. 11)
-  Et enfin, de construire des programmes de mesures « nécessaires pour parvenir à un bon état écologique » afin de réduire les pressions sur le milieu marin (art. 13)

FNE propose dans ce document ses remarques et observation relatives aux descripteurs 1 à 11 : https://fneasso.sharepoint.com/:b:/s/RseauOML-AnimationRseauOML/EbKg444Dy5NOv4FOrzm5C4UBmZ9pZbnZiW1bKQcq7LPdyQ?e=oaucfb

BON ETAT ECOLOGIQUE : D’UNE CONCEPTION TRES GENERALE ET FIGEE A UNE APPROCHE EVOLUTIVE MULTI-SPATIALE ET MULTI-TEMPORELLE

document complet ICI : https://sathoan.fr/wp-content/uploads/2025/09/Reponse-Sathoan-a-consultation-BEE_vf-2-sept-25.pdf

L’Organisation de Producteurs SATHOAN, basée en Méditerranée française et regroupant plus de 120 navires de pêche professionnelle, est engagée depuis plus de dix ans dans des programmes scientifiques de sélectivité, réduction des captures accidentelles et protection de la biodiversité. Elle participe à ce titre activement à la réflexion sur la définition du Bon État Écologique (BEE).

Elle considère que l’approche actuelle est trop générale, figée et insuffisamment adaptée aux spécificités de la Méditerranée. Deux dimensions clés sont mises en avant :

• La multi-temporalité : les dynamiques marines reposent sur des cycles (frai, migrations, blooms, canicules marines), rarement intégrés dans les indicateurs qui privilégient des références chronologiques arbitraires. Or, l’état écologique doit être compris comme une trajectoire évolutive, et non comme un état fixe.

• La multi-spatialité : les écosystèmes marins fonctionnent à différentes échelles, du biogéofaciès aux systèmes socio-écologiques complexes. L’évaluation du BEE doit refléter cette hiérarchie d’échelles, plutôt que des zonages trop vagues (« zone côtière », « large »).

SATHOAN reconnaît des atouts (harmonisation européenne, prise en compte du climat, approche précautionneuse), mais pointe de fortes limites : manque de données, indicateurs incomplets ou inadaptés, logique binaire du principe « One Out All Out » (OOAO), absence d’intégration des pressions croisées (eutrophisation, espèces invasives, climat) et d’une vision dynamique. L’OP propose de repenser le cadre autour de concepts écologiques mieux adaptés :

• Hétérostasie : autrement dit la capacité d’un milieu marin à rester en équilibre dynamique grâce à la diversité et aux connexions entre ses habitats (plus il y a de variété et de liens, plus il résiste).

• Allostasie : la faculté du milieu à s’adapter rapidement aux changements à court terme (par exemple une canicule marine ou une tempête).

• Homéorhèse : la manière dont un écosystème suit une trajectoire d’évolution à moyen ou long terme, en gardant ses grandes fonctions malgré les perturbations et transformations.

SATHOAN suggère de définir des Enveloppes de Variabilité Écologique Fonctionnelle (EVEF) pour caractériser la stabilité dynamique plutôt que des seuils figés, et d’intégrer de nouveaux indicateurs (diversité fonctionnelle, connectivité, redondance). Elle recommande aussi d’ajouter un descripteur D12 sur les perturbations électromagnétiques liées aux câbles et infrastructures offshore.

Enfin, SATHOAN appelle à remplacer le principe OOAO (« One Out, All Out » / « un critère non conforme, tout est non conforme ») par une intégration pondérée des indicateurs, à co-construire la méthode avec les parties prenantes locales, et à lancer un programme R&D dédié. L’objectif n’est pas d’ajouter des critères, mais de sélectionner des indicateurs réellement écologiques (au sens des relations entre les différentes unités écologiques), sensibles et lisibles, pour un BEE fondé sur la résilience, la fonctionnalité et la gestion adaptative des socio-écosystèmes marins.

document complet ICI : https://sathoan.fr/wp-content/uploads/2025/04/TRIBUNE-SATHOAN-avril-25-West-Med.pdf

Pour évaluer le bon état écologique des eaux marines, il serait utile de rajouter au projet d’arrêté un indicateur relatif à la présence de bancs d’huitres plates (Ostrea edulis) pour le thème des habitats benthiques (ex : D6C4 et D6C5). En effet, les bancs d’huitres plates sont considérés par l’OSPAR comme un habitat (et des espèces ingénieures) à préserver. Comme l’huitre plate est l’huitre autochtone de nos littoraux, mais qu’elle a disparu à de nombreux endroits du fait de diverses causes passées (surexploitation, épidémies, …), de nombreux programmes ont été entrepris par des institutions scientifiques nationales (ex : IFREMER) ou européennes (ex : https://noraeurope.eu/restoration-projects/projects-overview-list/) pour réintroduire l’animal et restaurer ces bancs de bivalves particuliers du fait de leurs bénéfices importants pour l’environnement. En conséquences, il parait opportun d’inscrire la présence de bancs d’huitres plates comme un indicateur du bon état écologique des eaux marines. Cela pourrait permettre leur localisation et faciliter la préservation des bancs d’huitres plates subsistants sur le littoral français.

Avec tant de criteres et de complexité, comment va etre appliqué, et surtout controlé un systeme pareil ? Envisagez vous d’utiliser de l’intelligence artificielle pour tout mesurer, valider, alerter ? Et pendant le temps que les technocrates s’amusent a définir le ’bon etat ecologique’ de la mer, l’etat laisse le chalutage de fond racler indistinctement toute forme de vie, sans contrainte. Monde de fous.

Le nouvel arrêté est effectivement plus clair et intègre plus de descripteurs ou indicateurs que celui de 2019.

Certains indicateurs sont dépendant des tempêtes alors que d’autre sont dépendant de la température des eaux, de la profondeur d’eau (évolution de l’ordre de 4,2 mm par actuellement), fortement influencée par le changement climatique. Exemple :
- l’extension des herbiers et leurs densité est dépendante des tempêtes avec une régression notamment marquée lors fortes houles (dégats)
- la quantité d’oxygène dissout est notamment dépendante de la température des eau, en lien avec les évolutions climatiques et météorologiques.
La présence de facteurs exogènes aux activités humaines locales ou à l’échelle du bassin pour qualifier la qualité des eaux est-elle un souhait ? si oui,quel est le sens ?

La perte physique par modification permanente des fonds marins peut aussi être due à des facteurs naturels (migration de dune marine, modification des courants marins liée au changement climatique, augmentation des emprises d’apports de sédiments dus à l’intensification des des épisodes pluviaux intenses) et non a des activités. De même pour les bruits de fonds liés à l’activité sismique. Elle influence donc aussi le bon état écologique des eaux si on veut être cohérent mais n’est pas retenue, ce qui interroge sur la cohérente entre des paramètres qui sont non exclusivement dépendant des activités anthropiques et d’autres où le hors anthropique est exclus.
L’abondance des oiseaux peut être liée à des épidémies telles que la grippe aviaire. Dans quelle mesure l’activité anthropique en est-elle responsable?

Le critère D9C2 - Contamination microbiologique pathogène ne suit pas les recommandations de l’Anses et de l’IFREMER pour définir les classes de qualité statuant le bon état écologique. La définition des classes de qualité suivies par cet arrêté sont moins protectrices que celles proposées à partir de données exclusivement scientifiques. L’arrêté propose de retenir uniquement une classe B qui est encore moins protecteur ! C’est inadmissible cette ingérence de la part de l’Etat sur des évaluations scientifiques !